آنالیز مولکولی ژن NS از ساب تایپ H9N2 ویروس آنفلوانزا A در صنعت طیور ایران طی سال های 2016-2007

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد ویروس‌شناسی پزشکی، مؤسسة تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج، ایران

2 استادیار بخش تحقیقاتی بیماری‌های طیور، مؤسسة تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی، کرج، ایران

چکیده

ویروس آنفلوانزا H9N2 با توجه به دامنه میزبانی بسیار وسیع و به علت بازآرایی ژن اهمیت بالایی دارد که احتمال رد شدن از سد بین گونه ای را تسهیل می کند. این مطالعه اطلاعات مفیدی را در رابطه با همگن بودن ژن H9N2 ویروس آنفلوانزای پرندگان ایران با دیگر ویروس های آنفلوآنزا پرندگان کشورهای پاکستان و اسرائیل در سال های متوالی نشان می دهد که تاکید کننده ضرورت نظارت مستمر بر ژن های ویروس آنفلوانزا و بررسی تکامل سویه های آن در منطقه می باشد. مطالعه حاضر روی سکانس ژن NS 10 جدایه ویروس آنفلوآنزا تحت تیپ H9N2 از سال 2016-2007 انجام شد و پس از تکثیر با روش RT-PCR و استخراج ژنوم، ژن ها بطور کامل توالی یابی (با همان پرایمری که برای تکثیر ژن ها استفاده شده بود، انجام شد) و پس ازآن مورد آنالیز فیلوژنیک قرار گرفت. تمامی این10 جدایه در الل A و در تحت دودمان Korean با موتیف اسید آمینه در لیگاند PDZ KSEI قرار گرفتند که این مساله قرابت ژن های ویروس های پاکستانی را به جدایه های ایران نشان می دهد. ویروس های H9N2 از نظر ایجاد بیماری زایی فوق حاد نیستند اما با انتقال به گونه های پستاندار مثل انسان بیماری خفیفی را ایجاد می کنند. این ویروس ها علاوه بر اتصال به گیرنده های اختصاصی طیور، این توانایی را دارند که با تغییراتی در اسیدآمینه، به گیرنده هایی شبیه به استرین نوع انسانی اتصال یابند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Genetic Analysis NS Gene of H9N2 Subtype of Influenza Virus A Isolated in Iranian poultry industry in during 2007-2016

نویسندگان [English]

  • Zahra Keyvanlou 1
  • Abdul Hamid Shoushtari 2
1 M.Sc. Student in Medical Virology, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran
2 Assistant Professor of Department of Poultry Diseases Research, Razi Vaccine & Serum Research Institute, Karaj, Iran
چکیده [English]

The H9N2 influenza virus is of great importance due to the wide range of hosts due to gene rearrangement, which facilitates the possibility across of the Inter-species barrier. This study demonstrates useful information on the homogeneity of the H9N2 strain of avian influenza virus in Iran with other influenza viruses in Pakistani and Israeli birds for years to come, which emphasizes the need for continuous surveillance of the influenza virus genes and the evolution of strains of the strains in the region. The present study was conducted on the 10 isolates NS gene sequence of the H9N2 influenza virus strain from 2007-2016. After amplification by RT-PCR and genome extraction, the genes were completely Sequencing (it was carried out with the same primer used for gene amplification) and then phylogenetic analysis. All of these 10 isolates were included in allele A under the Korean lineage with amino acid motif KSEI in the PDZ ligand, which shows the similarity of Pakistani virus genes to C of Iran. H9N2 viruses are not highly pathogenic, But by transferring to mammalian species like humans, they cause mild illness .These viruses, in addition to connecting to poultry receptors, have the ability to connect to receptors similar to human type strains with changes in amino acids.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Influenza Virus
  • Rearrangement
  • NS gene
  • RT-PCR
  • Phylogenetic Analyze
[1]. Chiapponi C, et al. Detection of Influenza D Virus among Swine and Cattle. Italy. Emerge Infect Dis. 2016; 22(2): 352-4.
[2]. Lamb R.A, Lai CJ. Sequence of interrupted and uninterrupted mRNAs and cloned DNA coding for the two overlapping nonstructural proteins of influenza virus. Cell 21. 1980; 475-85.
[3]. Hatada E, et al. Binding of the influenza virus NS1 protein to model genome RNAs. J. Gen. Viral. 78. 1997; 1059-63.
[4]. Qiu Y, Krug RM. the influenza virus NS1 protein is a poly (A)-binding protein that inhibits nuclear export of mRNAs containing poly (A). J.Virol. 1994; 68: 2425-32.
[5]. Greenspan D, et al. Expression on influenza virus NS2 nonstructural protein in bacteria and localization of NS2 in infected eukaryotic cells. J. Viral. 1985;54: 833-43.
[6]. O’Neill RE, Talon J, Palese P. the influenza virus NEP (NS2 protein) mediates the nuclear export of viral rib nucleoproteins. EMBO J 17. 1998; 288-96.
[7]. Ayllon J, Garcia Sastre A, Hale BG. Influenza A viruses and PI3K: are there time, place and manner restrictions? Virulence. 2012; 3: 411-4.
[8]. Ehrhardt C, Ludwig S. A new player in a deadly game: influenza viruses and the PI3K/Akt signalling pathway. Cellular microbiology. 2009; 11: 863-71.
[9]. Martin K, Helenius A. Transport of incoming influenza virus nucleocapsids in to the nucleus. J Virol. 1991; 65: 224-32.
[10]. Wang S, Shi W. Genetic analysis of the nonstructural (NS) genes of H9N2 chicken influenza viruses isolated in China during 1998–2002. Virus Genes 31(3). 2005; 329-35.
[11]. Talon J, Salvatore M, O'Neill RE, Nakaya Y, Zheng H, Muster T, et al. Influenza A and B viruses expressing altered NS1 proteins: A vaccine approach. Proc Natl Acad Sci USA. 2000b; 97: 4309-14.
[12]. Aamir UB, Wernery U, Ilyushina N, Webster R.G. Characterization of avian H9N2 influenza viruses from United Arab Emirates 2000 to 2003. Virology 361. 2007; 45-55.
[13]. Banks J, Speidel EC, Harris PA, Alexander DJ. Phylogenetic analysis of influenza A viruses of H9 haemagglutinin subtype. Avian Pathol. 29. 2000; 353-60.
[14]. Cameron KR, V Gregory, J Banks, I.H Brown, DJ Alexander, AJ Hay, et al. H9N2 subtype influenza A viruses in poultry in Pakistan are closely related to the H9N2 viruses responsible for human infection in Hong Kong. 2000.
[15]. Vasfi Marandi M BozorgmehriFard  M.H. Isolation of H9N2 Subtype of Avian Influenza Viruses during an Outbreak in Chickens in Iran. Iranian Biomedical Journal 6 (1). 2002; 13-17.
[16]. Majidzadeh k, Karimi v , Soleimanidor M, Estabragh AS, Barin A, et al. Phylogenetic Study on Nonstructural (NS) Gene of H9N2 Isolated from Broilers in Iran During 1998-2007.Pakistan Journal of Biogical Sciences 14(17): 838-843, 2011, ISSN 1028-8880.
[17]. Macken CA, Webby RJ, Bruno WJ. Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus. J Gen Viral 87. 2006; 2803-15.
[18]. Hale BG, et al. the multifunctional NS1 protein of influenza A viruses. J. Gen. Viral. 89. 2008: 2359-76.
[19]. Harris BZ, Lim W.A. Mechanism and role of PDZ domains in signaling complex assembly. Cell Sci. J. 2001; 114: 3219-31.
[20]. Nourry C, Grant SGN, Borg J.P. PDZ domain proteins: plug and play Sci; STKE 2003: RE7.
[21]. Shin YK, Liu Q, Tikoo SK, Babiuk LA, Zhou Y. Influenza A virus NS1 protein activates the phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)/Akt pathway by direct interaction with the p85 subunit of PI3K. J. Gen. 2007; Virol 88:13–18. 
[22]. Butt KM, Smith GJ, Chen H, Zhang LJ, Leung YH, Xu KM, et al. Human infection with an avian H9N2 influenza A virus in Hong Kong in 2003. Clint Microbial. 2005; 43: 5760-67.
[23]. Hossain MJ, Hickman D, Perez DR. Evidence of expanded host range and mammalian-associated genetic changes in a duck H9N2 influenza virus following adaptation in quail and chickens. Plos One. 2008; 3:e3170; doi: 10.1371/journal.pone.0003170.
[24]. Heidari A, Mancin M, Nili H, Pourghanbari GH, Lankarani KB, Leardini S, et al. Serological evidence of H9N2 avian influenza virus exposure among poultry workers from Fars province of Iran. Virology Journal. 2016; 13:16.
[25]. Thomas M, Kranjec C, Nagasaka K, Matlashewski G, Banks L. Analysis of the PDZ binding specificities of influenza A virus NS1 proteins. Virol. J. 2011; 8: 25.
[26]. Butt AM, Siddique S, Tahir S, Nasrullah I, Hussein M, Idrees M, et al. Comparative sequence; antigenic and phylogenetic analysis of avian influenza (H9N2) surface proteins isolated in Pakistan between 1999 and 2008. Infection Dev. Cries. 2011; 5: 413-24.
[27]. Iqbal M, Yaqub T, Reddy K, McCauley JW. Novel genotypes of H9N2 influenza A viruses isolated from poultry in Pakistan containing NS genes similar to highly pathogenic H7N3 and H5N1 viruses. Plos One. 2009; 4:e5788; doi: 10.1371/journal.pone.0005788.
[28]. SNaeem K, Siddique N, Ayaz M, Jalalee MA. Avian influenza in Pakistan: outbreaks of low- and high-pathogenicity avian influenza in Pakistan during 2003–2006. Avian Dis. 2007; 51: 189-–93.
دوره 27، شماره 1
فروردین و اردیبهشت 1399
صفحه 83-92
  • تاریخ دریافت: 08 مهر 1397
  • تاریخ بازنگری: 10 آذر 1397
  • تاریخ پذیرش: 02 خرداد 1399
  • تاریخ اولین انتشار: 02 خرداد 1399