طراحی مهارکننده‌های جدید پپتیدی با گروههای عاملی بر پایه بنزن برای پروتئاز ویروس HTLV-1 با روشهای محاسباتی

نویسندگان

چکیده

زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس‌ها می‌باشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری‌هایی نظیر لوسمی T-Cell بزرگسالان (ATL )، HAM/TSP و ... می‌گردد . یکی از پروتئین‌های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری می‌باشد .مهارکننده‌هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده‌اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده‌اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده‌ها ایجاد و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن‌ها به پروتئین پروتئاز سنجیده شد .
مواد و روش‌ها : ترکیبات بر اساس مشابهت با پپتید اصلی و بر پایه پپتیدوممتیک ایجاد گردیدند .ترکیبات بوسیله نرم‌افزار هایپرکم بوجود آمدند و عمل بهینه سازی بر روی لیگاندهای طراحی شده و لیگاندهای همراه با پروتئین که دارای ساختار کریستال بودند ،بعد از جدا کردن آن‌ها انجام گردید .ADME و ویژگی‌ سمیت ترکیبات با استفاده از برنامه‌های تحت وب http://www.molinspiration.com و http://lazar-services.in-silico.ch تعیین و عمل داکینگ بر روی آن‌ها انجام گردید.
یافته‌ها: بررسی‌های ADME ترکیبات طراحی شده نتایج مناسبی را ارائه دادند .بررسی‌ها حاکی از سمیت نسبتا مناسبی برای لیگاندهای طراحی شده بودند.
نتیجه گیری: نتایج بدست آمده از داکینگ نیز نشانگر اختصاصی بودن لیگاندهای طراحی شده در مهر پروتئاز بودند. در نهایت این که نتایج نشان دادند مهارکننده‌های طراحی شده می‌توانند به عنوان ترکیبات مشابه ،داروی موثری برای مهار این پروتئین بوده ودر مقابله با این ویروس بکار روند .

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Design the new virus HTLV-1 protease peptide inhibitors based on Benzene functional group by computational methods

نویسندگان [English]

  • Javad Maleki
  • Mitra Kheyrabadi
  • Safiyeh Sophiyan
  • Reyhaneh Sabbaghzadeh
چکیده [English]

Background: Virus htlv-1 is in the retrovirus family; the virus causing human diseases such as adult T-Cell Leukemia (ATL), HAM / TSP and etc… One of the major proteins in the virus is protease that is essential for virus maturation. Inhibitors that ever made for the protease didn’t show any properly activity. We have created a new series of inhibitors and with using of computational tools to calculate the way of interactions to the protease protein.
Materials and Methods: The compounds based on the similarity of the original peptide and based on peptidomemiticswere created. Compounds were created by software Hyperchem and optimization act on designed ligand and ligand with the protein crystal structure were performed after separating them. ADME and toxicity characteristics of the compounds were obtained by using Web applications in http://lazar-services.in-silico.ch and http://www.molinspiration.com and docking were performed on them.
Results: The results of studies on ADME designed compounds already showed a good result. Toxicity studies also indicate relatively good results; also the docking results were showed good specificity.
Conclusion: Our studies showed that designed inhibitors can be effective drug-like compounds to inhibiting the protein and therefore use to contrast with this virus.

کلیدواژه‌ها [English]

  • HTLV
  • 1
  • Protease
  • Drug Design
  • Inhibitors